در ضلع شرقی ميدان نقش جهان و روبروی کاخ عالی قاپو، مسجدی واقع شده که در دوران صفويه آن را مسجد صدر و فتح الله نيز می ناميدند.طرح اين مسجد در زمانی که نقشه چهارباغ و باغ هزارجريب به مرحله اجراء درآمد ريخته شد و در دورانی که معماری صفويه به شکوفايی رسيده بود مورد بهره برداری قرار گرفت.آنچه مسجد شيخ لطف الله را در عداد نمونه های بارز هنر ايرانی- اسلامی قرار می دهد اندازه کوچک و هماهنگی آن با بناهای اطراف ميدان است.
سردر زيبا و پرکار مسجد در سال ۱۰۱۲ به پايان رسيد اما بقيه مسجد و تزئينات کاشيکاری آن تا سال ۱۰۲۸ هجری بطول انجاميد.
کتيبه سردر که به خط ثلث بسيار زيبا با کاشی سفيد معرق بر زمينه لاجوردی نوشته شده سال ۱۰۱۲ و امضاء عليرضا عباسی خوشنويس برجسته عصر صفوی را نشان می دهد.
مسجد را شاه عباس اول به احترام و افتخار شيخ لطف الله جبل عاملی روحانی شيعه آن روزگار که از لبنان به ايران آمده بود ساخته است. تا به عبادت اهل حرم و خود وی اختصاص داشته باشد. مدرسه ای نيز در کنار مسجد برای تدريس اين دانشمند برجسته ساخته شد که امروز اثری از آن نيست.
از ويژگیهای مسجد چرخش ۴۵ درجه ای است که از محور شمال به جنوب نسبت به محور قبله دارد. اين گردش که در اصلاح معماران سنتی ايران «پاشنه» ناميده می شود چنان ماهرانه صورت گرفته که به هيچ روی توجه بيننده را جلب نمی کند.
گنبد کم ارتفاع مسجد حاوی خطوط اسليمی است که به طرز باشکوهی بر زمينه خاکی رنگ گنبد گسترده شد، هماهنگی بی نظيری را در نقش و طرح و رنگ به نمايش می گذارد.
محراب بی بديل مسجد شيخ لطف الله که تاريخ ۱۰۲۸ و امضاء محمد رضا بن استاد حسين بنا اصفهانی را بر خود دارد از شاهکارهای معماری و هنر اسلامی ايرانی است که هر بيننده را به اعجاب و تحسين وامی دارد.
کتيبه خارجی گنبد به خط ثلث با کاشی سفيد معرق بر زمينه لاجوردی حاوی سوره های قرآن کريم است. خطوط کتيبه های داخل گنبد مسجد را عليرضا عباسی و خطاط ديگری که شهرت چندانی ندارد و نام او استاد باقر بنا است نوشته اند.